Die Mongolei von 1368 bis 1691
Als das große Reich sein Ende fand, wirkte es sich auf die mongolische Gesellschaft aus. Historiker nennen diese Periode „das Alter der kleinen Monarchen“. Die Bezeichnung kommt daher, dass die Khans nach 1368 jeweils nur für eine kurze Zeit herrschten und ständig in der Krise mit dem Adel waren. Der große Khan verlor seine Macht und die örtlichen Herrscher gewannen immer mehr an Stärke und wurden immer unabhängiger in ihren eigenen Angelegenheiten. Die ehemalige alte mongolische Nation zerfiel, die Oiraten setzten sich ab und bildeten ihre eigene Monarchie. Die Mongolei spaltete sich in die Westliche und Östliche Mongolei. Die Östliche Mongolei unterteilte sich noch einmal in die Innere und Äußere Mongolei. China blieb während dieser Zeit recht aktiv und überfiel manchmal Zentralasien.
Die mongolische Sprache wurde in verschiedene Dialekte unterteilt, aus denen später richtige Sprachen entstanden. Die Zeit vom 15. bis zum 17. Jahrhundert wurde von wichtigen Gelehrten und Dichtern geprägt. Im 16. Jahrhundert kam der Buddhismus in die Mongolei und der Khan Altan konvertierte zum Buddhismus. Auf diese Weise legte er den alten schamanischen Glauben ab. Der neue Glaube brachte Literatur, Philosophie, Theologie und Naturwissenschaften ins Land.
Die Vorherrschaft des Khans hielt sich in der postimperialen Periode begrenzt. Zwischen 1370 und 1634 herrschten in der Mongolei insgesamt 22 verschiedene Khans. Ein Oiraten-Prinz übernahm im Jahre 1450 den Thron und brach so die Tradition der Nachkommen von Genghis Khan. Fünf Jahre später jedoch wurde die Dynastie wiederhergestellt. 1470 vereinigte der Khan Batmonch die Mongolei wieder; dies hielt 40 Jahre, doch sein Tod brachte weitere Unterteilungen mit sich.
Zwischen dem 15. und 17. Jahrhundert stellten die mongolischen Herrscher viele wichtige gesetzliche Grundlagen her. Das große Gesetz namens Yasa reichte zu der Zeit des mongolischen Reiches aus, um das Volk zu regieren, doch als ein Prinz Unabhängigkeit erreichen wollte, ließ er die Gesetzte neu schreiben. Das Gesetzbuch des Khan Altan war in der Region von Tumed wirksam. Das "Mongol-Oyrat-Gesetz" und die „religiösen Verzeichnisse" gehörten zu seinen wichtigsten Gesetzen.
1575 marschierten die Mandschus in der chinesischen Ming Dynastie ein und attackierten sie. Der Anführer Nurhach rief sein neues Königreich „Qing“ 1616 aus. Auch die Mongolen wurden von den Mandschus angegriffen und unter Druck gesetzt.
Im Jahre 1636 gestand der Rat der Inneren Mongolei die Niederlage ein und erkannte die Mandschu Herrschaft an. Der letzte Nachkomme von Genghis Khan, Lidgen Khan, wehrte sich gegen die Mandschus bis zu seinem Tod. Er starb 1634 und sein Tod führte zum Ende der großen Dynastie. Viele Mongolen wechselten die Seiten und schlossen sich der Mandschu Armee an, in der Hoffnung, siegreich aus der Schlacht zu kommen. Auch die Prinzen der Äußeren Mongolei entschieden, die Mandschu-Herrschaft 1691 zu akzeptieren und die Zungaria-Provinz zu verlassen. Sie war die einzige Provinz der Mongolei, die noch unabhängig war.